妖魔結社ネメシスは、知力体力に優れた人間を魔法生物と融合させた怪人を中心メンバーとし、その異形の力でさまざまな犯罪や破壊工作を行っている。

主人公は、ネメシス首領の実の弟でありながら、正義のために兄と組織を裏切ったのだ。

主人公は、ネメシスが開発していた、人体に憑依して変身することのできる魔法生物（インジェル）を持ち出し、その力で組織に対抗しようとしていた。

だが、インジェルは男が使うと、高い確率で理性を奪われて、快楽と欲望を貪るだけのモンスターになる恐れがある。
また、女でも特別な適正のない者が使うと、変身はできるものの、組織のボスに意識を乗っとられ、悪堕ちした操り人形となってしまう。
主人公はネメシスから逃れる一方で、適合者の少女――インジェルで変身しても悪堕ちせず、正義の魔法少女となってくれる存在を探していた。

主人公は、意志を持つ魔法生物でもあるインジェルの導きによって、名門校「聖英女学院」にやってくる。
そこに通う生徒たちの中に、自分と共に戦ってくれる、インジェルの適合者となる少女がいるかもしれない。
だが、それはすなわち、その何の関係もない少女を、ネメシスとの血みどろの戦いに巻き込むことになる。

主人公は迷う。
だが、そんなことに関わりなく、ネメシスの怪人が現れ、無関係な学院の少女達を襲う。

主人公は少女達を守るために、インジェルで変身し怪人と戦うが、とどめをさす前に意識を乗っ取られそうになり、変身を解いてしまう。

死を覚悟する主人公。

が、主人公が守ろうとしていたの少女の一人、有紀ヒカルがインジェルで魔法少女に変身して、怪人を倒してしまう。
ヒカルこそ、インジェルと互いに引き合っていた、正義の魔法少女となりうる存在だったのだ。

主人公は、ヒカルを戦いに巻き込みたくないと思いつつ、魔法少女になってくれないかと説得する。
ヒカルは驚きつつ、怪物と聖英女学院で起こっている連続婦女暴行誘拐事件との関係について尋ねる。
被害者の数は５人、うち行方不明が３人で、見つかった２人も酷い外傷こそなかったものの、心を病んでしまっていた。
心を病んだ１人はヒカルの友人でもあり、犯人への怒りと、犯人が見つからないことへの不安を抱いていたのだ。
主人公は、少女達はおそらくインジェルの適合性があり、さらわれて無理矢理インジェルを付けさせられて、組織の操り人形になったか、あるいは心を壊されたのだと説明する。
ヒカルは、友達を奪われた怒りで、魔法少女として戦うことを決意する。

ネメシスに追われる身で行き場のない主人公をヒカルは自分のうちに連れて行く。
ヒカルの母、有紀アスカは主人公が居候することを快く承諾し、母と娘の二人暮らしの中に主人公が飛び込む形で魔法少女的な同居生活がはじまるのだが……！？